Laporan kinerja PT KAI tahun 2006 mendapat skor 67 atau SEHAT A. Skor 67 ini terdiri dari Kinerja Keuangan mendapat nilai 27, Kinerja Operasional mendapat nilai 34, sedangkan Kinerja Administrasi mendapat nilai 6. Demikian tanggapan tertulis Komisaris PT KA (Persero), Budhi M Suyitno sebagaimana dibacakan Agus Gurlaya Kartasasmita pada Rapat Umum Pemegang Saham (RUPS) PT Kereta Api di Bandung (16/7). Tetapi Dewan Komisaris juga mempertanyakan, apakah skor dan tingkat kesehatan tersebut sudah mencerminkan keadaan sesungguhnya. Komisaris ketika itu juga memberikan saran, agar RUPS dapat mempertimbangkan dan mengamanatkan perbaikan komposisi skoring yang 50 % pada aspek keuangan, 35 % aspek operasional dan 15 % aspek administrasi. Disarankan juga agar Direksi PT KA memprogramkan secara jelas rencana pemberhentian operasional Lok DH. Kemudian, juga disarankan agar disusun strategi serta kontrol pelaksanaan yang jelas atas: Upaya peningkatan volume angkutan komersial baik penumpang maupun barang, serta pengurangan secara signifikan kelambatan dan kecelakaan KA.

Sebelumnya Dirut PT KAI, Ronny Wahyudi melaporkan realisasi kinerja tahun 2006 yang telah diaudit membukukan laba Rp 14,206 Milyar. Tetapi pihak Komisaris menilai laba usaha PT KA murni dari hasil usaha sesungguhnya adalah negatif, bahkan minus atau rugi. Perolehan laba bersih Rp 14,206 Milyar sesungguhnya disumbangkan oleh pendapatan di luar usaha serta tindakan koreksi atas sejumlah transaksi yang tidak diakuntansikan dan dilaporkan semestinya pada periode sebelumnya. Hal lain yang juga mendapat sorotan Komisaris antara lain Laporan anak perusahaan PT Railink dengan kepemilikan PT KAI sebesar 60 %. “Tidak jelas dalam laporan auditor independen dan tidak lengkap pengungkapannya dalam laporan keuangan yang disajikan,” ujar Agus yang mewakili Budi M Suyitni selaku Komisaris Utama PT KAI. Juga disoroti masalah PSL/JHT .Komisaris juga menyarankan agar RUPS memperhatikan perolehan laba PT KAI yang bukan dari pendapatan usaha. Disarankan juga agar perkembangan mutakhir penanganan masalah PSL/JHT dikaitkan dengan perhitungan kebutuhan riil finansial untuk PSL/JHY.

Komisaris juga menilai pelaksanaan Good Corporate Governance (GCG) belum masuk dalam cakupan evaluasi audit pihak akuntan publik. Ealaupun demikian, Komisaris mengakui telah dilaporkan adanya 11 permasalahan kepatuhan terhadap perundang-undangan serta 5 permasalahan pengendalian intern..Terkait dengan ini, Komisaris menyarankan agar setiap butir dari 16 butir permasalahan dapat dicermati dan ditindaklanjuti, serta dilaporkan kepada Dekom dan RUPS mendatang. Ditekankan juga oleh Komisaris agar dalam tahun 2007 diprogramkan asesment ulang terhadap kondisi GCG pada PT KAI mengingat berbagai aspek GCG yang telah dituangkan pedomannya dalam beberapa manual selama ini belum jelas implementasinya. Oleh karena itu, Komisarus diminta memberi perhatian khusus terhadap penyelesaian penysunan pedoman perilaku sebagai unsur kelengkapan GCG Perusahaan. “Manajemen dan Dekom perlu memberi perhatian atas implementasi pedoman-pedoman GCG dan agar manajemen menetapkan unit yang mengawasi pelaksanaan GCG. Terhadap usul pembentukan anak perusahaan Properti, Angkutan Perkotaan Jabotabek, serta Angkutan Sumatera Selatan, Komisaris meminta agar diatur ketentuannya secara jelas, termasuk kriterianya.

RUPS yang berlangsung di auditorium kantor pusat PT KA dihadiri unsur pemegang saham, yaitu: Deputi Bidang Usaha Logistik dan Pariwisata Kementrian BUMN, Harry Susetyo Nugroho; Asisten Deputi Urusan Usaha Sarana Angkutan dan Pariwisata, Suyitno Affandi. Kepala Bidang Usaha Sarana Angkutan dan Pariwisata I, Danang S Baskoro, serta Kepala Bidang Usaha Sarana Angkutan dan Pariwisata II, Muhammad Fakhruddin. Sementara dari unsur Dewan Komisaris PT KAI, hadir Agus Gurlaya Kartasasmita, Koessuyudono, Omar Berto dan Hekinus Manao. Dari PT KAI, selain seluruh jajaran Direksi (BoD), juga hadir para Kepala Divisi Tingkat Pusat, para Kasubdit, Kabid, Sekretaris Perusahaan, Ka SPI. Sampai waktu sholat Lohor berlalu RUPS masih berlangsung, tetapi dijadwalkan selesai sebelum break makan siang.